Вечером 22 июня 1941 года в результате стремительного наступления немецких войск возникла угроза захвата самой западной базы Балтийского флота – Либавы. Флот оттуда был спешно эвакуирован. Корабли, которые не могли покинуть порт, взорваны. «С-9» повезло. Она завершила ремонт на заводе Либавы всего за двое суток до начала войны, избежала гибели и вступила в бой с врагом.